最近は、もっぱら英米詩の勉強をしています。
最近の書き物(1): 山本毅雄,"日本最初のオンライン情報検索サービスTOOL-IR：研究・開発・サービス提供," 情報の科学と技術, Vol. 58, No. 5, pp.254-259 (2008.5).
最近の書き物(2)：山本毅雄,"著書・資料Web 公開のすすめ：研究者・著者が引退するとき,"情報知識学会誌, Vol. 18, No. 5, pp.430-433 (2008.12).
化学情報のオンラインデータベース化と検索に興味を持ち、1969年から情報検索システムを研究、1973年より東京大学大型計算機センター助教授。ここで1975年、日本初の大規模文献データベース検索サービスTOOL-IRを開始。
早くからコンピュータの対話型利用、データベース、ソフトウェアパッケージ、マン・マシン・インターフェース（その後出来てきた言葉によればヒューマン・インターフェース）などユーザ指向のコンピュータ利用の重要性を指摘し、そのためのシステム開発を主導、またＤＢＭＳをわが国に紹介。
1981年、つくば市にできた図書館情報大学（図書館情報学部）の教授となり、1980～1990年代は図書館の分担共同目録システム研究開発、情報システム学の確立、図書館情報大学の建設と教育・大学運営（1995～1999年副学長）に努力。その間、東京大学（理学系大学院情報科学研究科）、慶応大学（理工学部化学科）、中山大学（計算機学科、中国広州市）などで非常勤講師として講義。また、東京大学大型計算機センター（データベース小委員長）、学術情報センターおよびその前身の情報図書館学研究センター（併任助教授）・文献情報センター、国立民族学博物館、国文学研究資料館、農林水産研究情報センター、海上保安庁水路部等、多数の国立機関の情報・通信機能の企画・システム設計・運営に参加。2001年、図書館情報大学名誉教授。
2001年、国立情報学研究所に移る。教授・情報メディア研究系研究主幹。ディジタル・シルクロード・プロジェクトに参加（現在も続行中）し、ディジタル・アーカイブを開発。2005年定年退職。2005年、国立情報学研究所名誉教授。
2004年、東洋文庫研究員（客員）（一時嘱託）現在に至る。
2006年4月から2007年3月まで、京都情報大学院大学客員教授。DBMSを担当。
2006年4月から2008年3月まで、東京理科大学非常勤講師。情報処理Ⅰ、情報処理Ⅱを担当。
2007年4月から2008年3月まで、サイバー大学IT総合学部教授。2008年4月から2009年3月まで、同客員教授。DBMS基礎・DBMS演習を担当。